PYMOL

 

Studi mengenai kompleksitas struktur makromolekul tidak terlepas dari peran program pemodelan dan visualisasi. Proses visualisasi merupakan salah satu cara untuk memahami lebih mendalam tentang dunia biologi molekular. Saat ini telah banyak perangkat lunak yang dikembangkan untuk keperluan visualisasi struktur ataupun untuk menganalisis hasil simulasi MD mulai dari program yang berbayar sampai program yang bersifat open source atau gratis. Program visualisasi yang saat ini banyak digunakan diantaranya PyMOL (DeLano WL 2002), VMD (Virtual Molecular Dynamics), Rasmol, Jmol, OpenMol, dan Deepviewer.

Kebutuhan program visualisasi bagi studi biologi molekular ataupun MD dapat dilihat dari berbagai aspek. Perangkat lunak visualisasi dibutuhkan untuk beberapa hal diantarnya untuk memvisual

 

PyMOL sebagai program visualisasi grafis molekuler dapat digunakan untuk beberapa hal antara lain untuk membaca basis data protein PDB (Protein Data Bank), menampilkan struktur 3D makromolekul dengan berbagai representasi bentuk (Gambar 1), visualisasi hasil kristalografi, menseleksi dan mengedit bagian tertentu pada molekul, menampilkan proses trajektori hasil simulasi MD, membuat file animasi, dan analisis molekular lainnya seperti visualisasi warna b-factor, pensejajaran makromolekul, menghitung jumlah ikatan hidrogen, menampilkan sekuens protein dan kalkulasi struktur sekunder (DeLano WL 2002).